Cuando un fragmento de la Joya de las Cuatro Almas un nuevo enemigo se despierta, este fue sellado por el padre de InuYasha. Ahora despierto, manda a sus demonios (Ruri y Hari) para recuperar la Tetsusaiga (Colmillo Perforacero). InuYasha tendrá que pelear con todas sus fuerzas, Kagome será muy peligrosa. Kirara deja a Sango y pelea contra ella, y Miroku usa la Kazanna para ser usada contra el mismo.
La película comienza con la repetición de la escena en la que la Joya de las Cuatro Almas es fraccionada, pero eso aparece, para seguir solo un fragmento que se implanta en el pecho de un demonio. El demonio despierta de su sello, después descubriremos que este demonio es Menoumaru, un demonio chino que lucho contra el padre de InuYasha en una guerra.
La escena salta a unos meses después, se ve a Sesshoumaru, tomando un paseo nocturno, cuando dos demonios femeninos se presentan (Ruri y Hari) que se esfuerzan en robar la Tenseiga (espada heredada de Sesshoumaru). Cuando ellas lo atacan el las mata de un solo golpe y continua caminando.
En la mañana siguiente vemos a Kagome en su casa de su tiempo, preparando un almuerzo para todos sus amigos del otro lado del pozo. Cuando ella regresa un escorpión gigante le da la bienvenida con un fragmento de la Joya en la cola. InuYasha lo destruye con la ayuda de Miroku y Sango, y Kagome recupera el fragmento. Durante la batalla el veneno de una púa araña a Kirara, pero nadie se da cuenta.
En la siguiente escena se ve a Menoumaru, el demonio resucita a Ruri y Hari, y les da la orden de que recuperaran la Tetsusaiga. Hasta ahora ellas están fallando para conseguir la Tenseiga.
Para celebrar la derrota del escorpión, Kagome les presenta su desayuno casero, el cual Shippo, Miroku y Sango disfrutaron magníficamente, sin embargo Inuyasha comienza a buscar algo en la maleta de Kagome y coge una bolsa. Kagome va a buscarlo y le dice “Al suelo” (esa es la traducción de OSUWARI, en España) casi 20 veces, consiguiendo que su bicicleta se arruine.
Shippo, Miroku y Sango entretanto, observa a Kirara en forma de gatita, ya que estaba lamiendo la herida que obtuvo en la batalla con el escorpión. Myouga se ofrece para succionar el veneno, pero Kirara repentinamente esta de pie y sale corriendo al bosque. Sango corre detrás de Kirara y Miroku tomo el boomerang (y dice que Sango es muy fuerte por llevarlo cargando a todas partes.) Shippo se queda disfrutando del día, encontrándolo demasiado normal.
En el bosque Sango descubre a Kirara, que esta siendo ayudada por Hari y Ruri (estas estaban disfrazadas de humanas). Sango les da las gracias y Miroku les pregunta si acaso una de ellas quería tener un hijo con el (por lo que Sango lo golpea en la cabeza). Cuando de repente la tierra comienza a temblar y Kirara se retira de Sango y se puno detrás de Hari. Hari tomo una hoja con un escorpión y se lanza a por Sango.
Miroku entra en pánico (y quien no, al ver que el amor de su vida va a ser golpeado), y abre su hoyo negro para absorber al escorpión, pero Ruri que flotaba detrás de él imprimió el hoyo en su propia mano. Miroku fue capaz de cerrar el hoyo negro antes de que Sango fuera absorbida y ya estando juntos se echan a tierra. Ya que ellos se recuperaron, Ruri y Hari se marchan en la transformación de Kirara gritándoles que ahora Kirara les pertenece.
Kagome aparece paseando cerca del Goshinboku (el árbol donde Inuyasha estuvo sellado por Kikyo), cuando ve a Kikyo enfrente del árbol. Escondida y mirando, Kagome ve como Kikyo toca la zona del árbol donde Inuyasha permaneció dormido, entonces Kikyo se va. Kagome sale de su escondite y va hacia el árbol, mirando el agujero donde se clavo la flecha cuando fue disparada. Ella pone su dedo en el agujero de la flecha, cuando siente algo, una espinilla se le clava en el dedo.
Inuyasha aparece y envuelve la zona donde Kagome se ha cortado con un pedazo de servilleta. Kagome lo acusa de ver a Kikyo, cosa que el no niega ni afirma.
Menoumaru se muestra con una tormenta de mariposas?... Les ordena que ataquen a InuYasha y a Kagome, Kagome se aleja debido al polvo de las mariposas. Menoumaru derrota a InuYasha, pero cuando se acerca para tomar la Tetsusaiga es repelido por la barrera de la espada. Se enoja y rapta a Kagome.
Cuando Inuyasha se despierta, ve que todos están desaparecidos, y solo esta con Shippo y Myouga. Myouga le explica a Inuyasha que Menoumaru es un monstruo que vivía en China y que fue sellado por su padre. Inuyasha va a recuperar a Kagome.
Kagome, entre tanto estaba con Hari y Ruri, Menoumaru se retiro. Hari hizo un hechizo y le añade un fragmento para que sea mas poderoso. después toma el hechizo y lo pone en la frente de Kagome para esconderlo. Cuando Kagome despierta comienza a pelear contra ellas ( no esta bajo el influjo del hechizo), cuando ve que tienen a Kirara. Sango y Miroku se ven siguiendo a Inuyasha y piensan que cambio y que esta algo antipático.
De pronto Menoumaru comienza a atacarlos con sus poderes con mucha fuerza, Inuyasha es forzado a utilizar el Kaze no Kizu (un ataque de la Tetsusaiga = Colmillo Perforacero), pero para su sorpresa, ve que Menoumaru esta de pie enfrente del sello que el padre de InuYasha hizo. Menoumaru salta lejos del ataque y el Kaze no Kizu destruye el sello, y así queda libre todo su poder.
Menoumaru no puede estar mas contento. Una bola semejante a una planta que sale de debajo de la tierra y la corta con su espada para abrirla. Cuando es lo suficientemente grande se mete dentro y ahora esta en el interior de la bola. Sorprendentemente parece que hay varios terremotos, por que Menoumaru aumento de tamaño.
El grupo comienza a correr para esconderse, pero esto comienza a caerse, y todos ya están afuera menos Kirara, Sango una vez mas fue incapaz de recuperarla. Ellos ven que en lugar de Menoumaru ha salido un enorme árbol donde Menoumaru arriba.
Para hacer esto mas feo, Menoumaru comienza a absorber las almas de las personas de las aldeas cercanas. Afortunadamente Kaede fue capaz de hacer una barrera protectora para que su aldea no fuera atacada. Sin embargo las almas que obtenía le brindan grandes poderes
Menoumaru ataca al grupo mientras recolecta almas, forzando al grupo a separarse. Kagome y Shippo cogieron el mismo camino hacia la aldea de Kaede, pero ambos fueron heridos, Sango y Miroku cogieron su camino hacia el Tanuki's den, donde son tratados con menos heridas, e InuYasha y Myouga son forzados a hacerse un camino detrás de donde esta Menoumaru, después consiguen perderlo, pero Inuyasha esta herido.
En la cabaña de Kaede, Kagome se pone inconsciente, sin embargo, el hechizo que tenia en su frente brilla (color rojo) y el poder del fragmento recorre su cuerpo, Kagome descubre que esta siendo manipulada por Menoumaru. Ella no puede controlar su cuerpo, pero su mente grita que se detenga, ya que ataca a Kaede con unas garras como la de los monstruos y después sale corriendo para encontrar a Inuyasha.
Inuyasha a decidido regresar a la aldea de Kaede, pero se detiene en el puente para descansar. Cuando ve a Kagome correr hacia el, él le pregunta si todo esta bien, pero Kagome no le contesta ( esta bajo el influjo de Menoumaru), pero llega y lo abraza, él la abraza también. Repentinamente las garras de Kagome hieren a InuYasha que es forzado a escapar ya que la marioneta-Kagome lo esta persiguiendo. (Ella puede volar! ^-^)
Inuyasha esta en la esquina del árbol y pone cara de felicidad al ver a Kagome vestida con el mismo vestido que Kikyo y tener un aspecto exacto al de Kikyo.
Kagome saca un arco con mucha fuerza, pero se detiene y comienza a gritar, esforzándose para decirle a Inuyasha que corra, justo apenas por que Kagome estaba lista para disparar la flecha.
Sango ataca a Menoumaru por detrás del árbol y detiene su concentración. Kagome gana un poco de ella y deja la flecha. Sin embargo Hari y Ruri se presentan y pelean con Sango y Miroku, para que Menoumaru se concentre en matar a InuYasha. Kagome tiene éxito para detenerse y saca la flecha, se puede decir que ella deseo eso. Inuyasha lucha para mantenerse en pie y le dice que él no se irá y que no se irá solo. Menoumaru gana el control total sobre Kagome y hace que recoja la flecha. Entre tanto Miroku se encontrado él mismo combatiendo con la copia de su hoyo negro con Ruri, y Sango se encuentra evadiendo las salvajes garras de Kirara.
Kagome dispara la flecha, y hiere a Inuyasha en el mismo lugar donde Kikyo lo hirió antes, en el corazón, y él se queda sujeto al árbol. Inuyasha esta sintiendo el dolor de haber sido herido por Kagome, ella se siente dolida y comienza a gritar, cuando la marca que tenia en su frente se rompe y todas las mariposas malvadas se evaporaron. La flecha del pecho de Inuyasha desaparece. Kikyo aparece cuando Kagome esta abrazando y disculpándose con el durmiente hanyou y Kikyo le dice que ella tiene toda la culpa de que InuYasha este lastimado. Ella le dice que regrese a su tiempo. En el pozo, Kikyo la empuja para que caiga dentro de el y Kagome regresa al futuro.
Miroku esta en una batalla contra los hoyos negros. Ruri lo acuchilla con una navaja, intentando ganar, lo hizo tan fuerte que es absorbida así misma y es como un enorme cráter. Miroku se tira al suelo.
Sango esta siendo empujada contra Kirara, e intenta conseguir al demonio gato, por que Sango no desea matar a su amiga. Ella le dice a Kirara que no piensa en ella como una mascota, pero piensa en ella como su mejor amiga. después Kirara comienza a golpearla en la cabeza con una roca, hasta que se fractura el control del hechizo. Juntas de nuevo, Sango y Kirara parten a Hari por la mitad.
Kikyo estaba observando el lugar en donde Menoumaru esta, después de enviar a Kagome al futuro. Sesshoumaru aparece y le pregunta que por que le hizo eso a Kagome, ¿por que la odia? o ¿por que quería probar los poderes espirituales que Kagome poseía? Kikyo le contesta que por que la odia.
Kagome que esta del otro lado del pozo, va hacia donde esta el árbol sagrado y comienza a oír la voz de InuYasha. El le pregunta por que regreso a su época (Por esto, esta escena le da nombre a la película, por que ellos están hablando por medio del árbol sagrado, pero están en épocas diferentes). Kagome le dice por que ella solo consigue que se dañe mas en vez de ayudarlo.
InuYasha aparece, la toma y la abraza muy cercana y tiernamente. Él le dice que la necesita. Kagome regresa a la realidad y escucha a Inuyasha en el árbol, diciendo que regrese. después de quebrar el sello del pozo que puso Menoumaru, ella regresa y juntos de nuevo, InuYasha y Kagome van a pelear contra Menoumaru.
Ellos llegan al lugar donde Menoumaru esta y este junta todo su poder para transformarse, así que ahora en vez de ser un demonio de tamaño normal se vuelve un gigante Menoumaru. Kagome e InuYasha combaten contra el gigante, Kagome utiliza sus flechas purificadoras e InuYasha la Tetsusaiga. Al final y con mucho trabajo y esfuerzo, logran destruir a Menoumaru. Con el grupo reunido de nuevo y cada uno estando bien (cansados pero bien), la película termina.
